南通市積極探索完善政策制度，建立健全加強生態環境保護、推進生態文明建設的保障體系。
創新環境經濟政策。發揮價格杠桿作用，實行差別水價，2012年，全市對企業環境行為評級為“紅色”的22家、“黑色”的8家企業，分別加收污水處理費0.30元/噸和0.50元/噸。促進企業加強污染治理，對污水“零排放”企業免收污水處理費。實施綠色信貸，與銀行建立企業環境行為信息溝通機制。積極推進環境資源補償試點，探索出運用市場機制解決環境污染的新路子。
創新多元投入機制。市縣兩級政府將環境保護和生態建設投入，列為公共財政支出的重點，每年新增財力中都要拿出一定的資金，用于環境保護和生態建設。環保投入逐年增長，2012年全市環保投入160多億元，占GDP的比重超過3.5％。抓住國家拉動內需、增加環境基礎設施投資的大好機遇，積極向上爭取國家和省級資金。通過落實處置權，確保受益權，放活經營權，鼓勵引導外資、民資參與環保公益事業，全市通過BOT或BT方式，向社會融資用于生態建設。
創新環境管理方法。探索建設環保移動執法管理系統，為337家企業構建電子檔案系統，使環境管理工作起到事半功倍的成效。創新監管模式，實施入園企業排污“一廠一管”監管模式。建立環保、公安、法院、檢察院聯合執法工作機制，增強環境綜合執法的威懾力。實施聯防聯保，對先鋒、觀音山、通海片區等地企業落實環境保護責任，努力實現企業由“要我治污”向“我要治污”的轉變。
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