我國以化肥的粗放式投入和高污染為特征的農業生產方式所引起的面源污染對水環境形成的壓力，是與我國長期以來片面追求GDP增長和城鄉二元結構的發展方式密切關聯的。基于水環境保護的農業發展方式轉變，一方面是通過農業科技的進步提高化肥的利用率，比如測土配方施肥；另一方面是通過農業種植產業結構的調整發展無污染的生態環保農業。就此而言，農業發展方式轉變與農村水環境保護具有一致的技術性含義。
然而，高密度化肥投入的農業生產方式只是農村水環境污染的直接來源，城鄉二元結構的發展方式才是關系農村水環境問題的根本原因，城市、相關工業企業和國家都應對農村水環境保護擔負起應有的責任，在注重經濟增長的同時，必須從各個方面加快城鄉一體化建設的投入與補償，千方百計加快農村發展和提高農民的福利水平，包括增加農村水環境公共產品的投入；同時通過農業農村發展方式的根本轉變拓展農民增收的渠道，豐富農民生活質量的內涵；從而有望最終通過農村內部和農民自身所釋放的“能量”，促進農業農村發展與水環境從相互背離逐步走向相互協調的軌道。
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