近年來，南充市采取措施開展小流域污染綜合整治和集中式飲用水源地專項整治，確保了飲用水源保護區內水質穩定達標。
南充市組織相關部門對全市縣城以上及各鄉（城）鎮集中式飲用水水源進行全面摸底調查后，劃定380個城鄉飲用水源保護區，設置1000多塊固定標志牌。南充市高度重視水環境綜合整治和飲用水源地保護工作，目前主城區飲用水源保護區調整和取水口上移的四大工程項目正在加快實施，新取水口四水廠、新飲用水源保護區建設工程已完成前期工作，順慶區龍神院水庫的應急備用水源工程也正在加快推進。
同時，為不斷提高城市生活污水處理能力，南充市把文峰污水處理廠、荊溪污水處理廠、高坪污水處理廠（二期）等污水處理新建工程納入市本級重大項目予以推進，預計“十二五”末全市城市生活污水日處理能力可達40多萬噸，完全能承擔城市生活污水處理負荷。全市已建成78個規范化生活污水處理設施，日處理污水能力達2萬多噸。今年將新建鄉鎮污水處理廠128座，可覆蓋全市55%的鄉鎮。全市60%以上的鄉鎮建立了鄉鎮垃圾中轉設施，為鞏固和改善飲用水源水質提供了可靠保障。南充市還全面開展小流域污染綜合整治、集中式飲用水源地專項整治等，整治期間建成29座鄉鎮生活污水處理設施，搬遷整改35家工業企業，拆除91家畜禽養殖場，截流156個排污口，依法取締或搬遷水源保護區內有污染的企業、垃圾場、圍網養殖場、沙石碼頭、服務攤點和餐飲船36個。
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