近年來，錢塘江上游水質好于下游，但水體氨氮和總磷濃度呈現上升趨勢。目前以氮、磷污染為主，主要污染指標為氨氮和總磷。據研究顯示，錢塘江部分河段仍未能達到水環境功能區要求的水質標準。
今年以來，杭州市政協全面實施“五水共治”專項集體民主監督，日前，經過大量調研，民進杭州市委會對加強錢塘江水質狀況提出建議：“近年來，錢塘江水質呈緩慢下降趨勢，局部河段甚至出現過水華現象及污染物傾倒泄漏事件，對飲用水安全造成嚴重威脅。”
民進杭州市委會以錢塘江水質監測歷史資料為基礎，對錢塘江水域生態表征的物理、化學、生物學動態生態過程和調控作用進行綜合分析，目前，較為嚴重的水環境質量問題主要包括三個方面：
一是水體富營養化。2004年錢塘江首次爆發藍藻。2009年11月從錢塘江上游漂來3000多噸水葫蘆。錢塘江(杭州段)流域水資源豐富，但時空分布不均勻，年際之間水量變化差異顯著，導致豐水年份水質相對較好，而枯水年份水質較差，并具有較明顯的點源污染特征。
二是持久性有機污染物。嚴重影響杭州飲用水源地水質達標的不但有傳統污染指標(如氨氮等)，而且還包括一些有毒有機物，如有強致癌物質的多環芳烴、三氯聯苯和-五氯聯苯等。錢塘江有機污染物多來源于工業廢水的排放。
三是來自外部的有毒傾倒物。據了解，2013年底，錢塘江上游的水源被非法傾倒大量廢液劇毒藥物污染，給錢塘江水質造成威脅，使杭州市自來水產生異味。2014年5月發生了裝四氯乙烷槽罐車的翻車泄漏，有8噸流入桐廬的富春江中。
如何堵住錢塘江污染源頭？民進杭州市委會提出了一系列對策：
建立“五水共治”區域聯動機制，實行流域綜合管理。加強跨行政區域水環境監管，及時解決跨行政區域的水環境污染問題，并制定流域間污染物轉移的處置法則。
加強流域水環境監測預警應急工程建設，尤其是重要水源水質自動監控系統重要污染源在線監控，建立錢塘江流域飲用水源地有機污染物監測分析工程，建立長期錢塘江流域水生態動態監測網絡。
加大處罰力度、嚴懲不達標污水偷排、漏排的現象勢在必行。對一些不運轉和不規范運轉的環保設備也要給與一定處罰。
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