作為穩步提升水環境質量，棲霞區從六個方面全力開展了水污染防治工作。一是提高認識，加強組織領導。區委、區政府研究成立了棲霞區水環境綜合整治工作指揮部，30個單位的主要領導為指揮部成員。二是印發《棲霞區水環境綜合整治實施方案》（寧棲政字[2016]132號），明確將對全區41條劣Ⅴ類以下河道實施綜合整治或水質提升，2017年底前完成排水達標區創建全域覆蓋，2018年底前實現全域消除黑臭水體，2020年九鄉河、小江河等重要水體水質穩定向好。
三是實施工業污染防治。結合環保核查工作，對區內工業企業水污染處理設施進行排查，督促企業加強水污染防治設施的運行維護。兩家鐵路企業東車輛段和東機務段分別投資400萬、700萬進行廠區內升級污水處理系統，四是實施碼頭污染防治。按照船舶碼頭污染防治規范要求，開展轄區內碼頭專項整治工作，完成南京港第四港務公司和惠寧碼頭兩家碼頭堆場揚塵整治和污水收集處理工程。
五是加強水生態環境保護。強化飲用水水源保護，結合秸稈禁燒工作在燕子磯和八卦洲水源地安裝視頻監控系統。六是加強監測及時掌握水質情況。加強對重點河流、飲用水水源地水質監測，加密監測頻次，及時掌握水質變化情況，在主要河流設置水質監測斷面。
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