在大鵬半島295平方公里的土地上，分布著64條河流。每一條河流源于山地流向大海，其中部分河流流經居民區、商業區、工業區注入海洋。長期的歷史欠賬、滯后的城市配套建設，導致這些河流成為生活污水、工業廢水排放地（共計459個河道排污口），成為新區生態文明建設的一大障礙和生態保護的難點。
南澳河是大鵬新區唯一被深圳市列入建成區36條（45段）黑臭水體重點整治“黑”名單的河流。多年來，由于河道沿岸商鋪、民宅將污水糞便直排河河道，河道水質發黑發臭，河道周邊臭氣熏天。
新區成立后，將南澳河、王母河等10條河涌綜合整治工程和污水管網工程作為重點項目全力推進。其中南澳河作為新區“一區一示范”項目，啟動應急預案。據新區環境保護和水務局負責人介紹，2016年，新區投入1579萬元，采取沿河截污、河道清淤及河床護砌等應急措施，同時，加快南澳河流域污水支管網的鋪設，收集片區污水、斷絕污染水，于2016年底基本消除黑臭水體。
2017年1月和7月，經第三方機構兩次開展公眾滿意度調查，南澳河黑臭水體治理公眾滿意度均達到94%。
正隴水與三溪河、西邊洋河被列入深圳市2017年133條非建成區黑臭水體整治名單。新區采取沿河截污、河道清淤及河床護砌等措施，于今年6月底提前完成了三條黑臭水體河流的綜合整治。
“整治正隴水工程最根本的措施，是100%實現了生活污水的封閉收集。徹底斷絕了河流污染源”據新區環境保護和水務局負責人介紹，該片區污水管網建設時，接駁到每一戶民居、商鋪、機關單位和農貿市場的污水排放口，同時，新建或利用原有污水管道建成雨水排放系統，不僅保證生活污水收集率達到100%，還同時實現100%污、雨分流。“現在河水清了，臭味沒了，站在橋上可以看到歡快的魚群游來游去。”一位在居住在河邊的居民對此感受至深。
位于葵涌的三溪河和西邊洋河附近的居民，同樣感受到“黑臭河道現清流的變化”。流經壩光新村的西邊洋河黑臭水體消除后，河邊綠道成了居民跑步、跳舞的好去處。
據統計，大鵬新區共有入河排污口459個，共涉及27條河流。近年來，通過雨污分流管網建設，河道綜合整治，綜合執法等措施，于2017年底全部消除了459個排污口，率先全市完成了入河排污口的綜合整治任務。
據介紹，在入河排污口專項整治中，新區治水提質指揮部專門成立了攻堅小組，明確建筑工務局、環境保護和水務局、生態資源環境綜合執法局和各辦事處工作分工，制定實施“一口一策”方案，落實入河排污口整治的時間節點、整治措施、責任單位等，同時采取“每周一查”、“每周一梳”等保障機制推進項目如期完工。
今年6月，建成全國首個多要素全方位實時動態監測監控技術平臺，實現對空氣、負氧離子、油煙、機動車尾氣、工地揚塵、地表水、近岸海域、噪聲、輻射等實施動態監控。其中地表水監測系統在新區3條主要河流安裝監測儀器，每兩個小時向系統平臺輸送一次監測數據，為河流整治和綜合生態執法提供科學依據。
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