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南水北調東線江蘇段工程自2002年12月三陽河潼河寶應站工程開工以來，南水北調東線江蘇水源有限責任公司明晰思路，統籌安排，有序推進工程建設。目前江蘇境內已批復的8個調水工程已基本建成，依托江蘇江水北調工程，東線江蘇段工程具備調水出省工程條件。
    江蘇段工程是南水北調東線的水源工程和首開項目。按照抓好調水工程和治污工程，抓住源頭項目和省界項目，推進運河線和運西線，鎖定水量和水質目標的建設思路，江蘇水源公司加強目標管理，狠抓過程控制，保證了工程順利建設。
    江蘇境內一期工程目前已批復了三陽河潼河寶應站工程、駱馬湖至南四湖段江蘇境內工程、長江至駱馬湖段2003年度工程、南四湖水資源控制、水質監測工程、駱馬湖水資源控制工程和江都、淮安、宿遷、徐州四市的截污導流工程等共5個單項18個設計單元工程的初步設計。
    江蘇水源公司對控制工程總工期的泵站工程優先安排開工建設。同時，提早安排運河線工程建設，提高供水能力。適時安排運西線工程，對于涉及面較廣的工程，及早動工，確保了工程的順利建設。
    到2008年底，江蘇段已批復的8個調水工程已經基本完成，累計完成工程投資24.5億元，占批復工程總投資概算的96.3%。以藺家壩泵站試運行成功為標志，依托現有的江蘇省江水北調工程體系和新建成的南水北調工程，江蘇段已經具備了調水出省的工程條件，實現了工程建設的階段性目標。治污工程建設穩步推進，江都、淮安、宿遷、徐州市截污導流工程先后開工建設，累計完成工程投資3.13 億元。隨著一批新建成的污水處理廠、綜合治理等項目建成和投入運行，列入東線江蘇段考核的14個水質控制斷面，有12個斷面基本達到Ⅲ類水標準。
    江蘇段工程項目點多線長、面廣量大，技術比較復雜，項目管理要求高，江蘇水源公司以項目管理為中心，積極探索實踐新體制、新機制，構建完善的項目管理體系，努力提高項目管理水平，實現了工程建設管理有效控制。
    江蘇水源公司制訂完善了計劃、設計、財務、招投標、質量、安全、合同、檔案、驗收、目標考核等各項管理規章制度，并加強制度的貫徹執行，確保工程建設每個環節都做到有章可循、有序推進。同時，構建完善的投資控制管理體系。做到設計管理環環相扣，合同管理層層把關，財務管理筆筆有據，管理臺賬件件清楚。
    針對江蘇段既有新建工程也有加固改造工程等特點，江蘇水源公司積極探索直接管理、委托建設和代建制模式，組建成立各工程現場建設管理單位，作為項目法人的派出機構，具體承擔工程現場建設管理工作。各現場建設直接管理單位、各委托管理單位切實履行委托管理協議，按照簽訂的年度工程建設責任書和黨風廉政建設責任狀，加強現場管理，保證了各工程項目質量安全、節點工期、形象進度、驗收計劃、投資規模及文明工地創建等具體目標的實現，發揮了對工程建設資金、質量、進度、安全和隊伍建設的有效控制作用。
    經濟社會發展的不同階段和社會生產力發展的不同水平，總是對南水北調發展提出不同要求。江蘇水源公司積極探索和實踐南水北調工程新體制、新機制，努力把江蘇段工程作為創新、創優的試驗場，技術創新和管理創新取得了新突破。
    公司積極探索引進初步設計工作的市場競爭機制，自成功地組織泗陽站、劉老澗二站和皂河二站三項工程設計公開招標后，2008年12月又成功組織了洪澤站和邳州站初步設計招標，強化了設計單位的競爭意識、創新意識和服務意識，節省了投資，節約了資源，優化了設計方案。
    公司還探索建立適應市場經濟條件下的管理模式，以寶應站為試點，通過招標擇優選定了管理單位，對大型泵站工程采取所有權和管養權分開進行首次探索。兩年的合同期運行管理，行業認可，業主滿意，達到了目標要求。通過招標和議標的形式，淮安四站，解臺站，劉山站目前也確定了運行管理單位，這對推動南水北調完建工程運行管理市場化改革，保證完建工程良性運行管理起到積極作用。
    圍繞南水北調工程建設管理需要，公司明確科技創新三個主攻方向。第一，開展效率高、氣蝕性能好的泵裝置關鍵技術研究。第二，針對泵站結構，開展混凝土施工仿真模型和防裂技術研究。第三，開展泥水快速分離技術和淤泥資源化利用技術研究。到現在，已有多項課題獲得國家“十一五”科技項目、水利部“948”項目以及江蘇省科技創新項目的支持，有關成果已應用于工程建設。寶應站“大型泵站虹吸式出水流道優化設計及模型試驗研究”被評為2006年江蘇省水利科技優秀成果一等獎，并被評為2006年度江蘇省十大科技創新成果；“大體積混凝土溫控防裂研究”獲得2007年度江蘇省水利科技進步一等獎，泥水快速分離技術獲得了國家發明專利。一系列的創新創優舉措，成為江蘇段工程建設的亮點，也為江蘇水利工程的發展積淀了雄厚的基礎。
    文明工地創建活動是工程建設的重要組成部分。江蘇水源公司始終堅持以人為本，積極探索精神文明建設與工程建設的切入點和結合點，構建團結和諧的工程建設環境，努力使文明創建活動成為加快南水北調工程建設工作發展的橋梁和動力。
    江蘇水源公司注重正面引導，積極開展文明工地創建工作，并以創建活動為重要載體，確立創建工作三項目標：即加強文明工地管理，爭創文明建設工地；開展重點工程創新立功競賽活動，爭創重點工程勞動競賽功臣集體；發揮工程一線青年團員的突擊隊和生力軍作用，爭創青年文明號。針對工程大多數是抽水泵站，工藝復雜、質量要求高，技術難度大的特點，積極組織開展了鋼筋工、木工以及流道施工進度等勞動競賽，涌現出了一批先進集體和先進個人。